沿革
当山は、山号を徳栄山と称す。
これは、徳川家が栄えるようにとの願いでつけられたものである。
徳川家発祥の地は三州岡崎(現在の愛知県岡崎市)である。岡崎の近郊に法華宗の海雲山長福寺という古刹がある。長福寺の檀徒で徳川家に仕えた久世広宣、大久保忠勝、大久保康忠、大久保忠俊、阿部忠政等が元亀二年(1517)家康公が岡崎から遠州曳馬(現在の浜松市)への入城に際し、智存院日慶上人にお願いして駿府に創立された寺が当山である。
天正十八年(1590)家康公が関東奉行として江戸入城に際して、当山も久世家、大久保家等と共に江戸へ移転した。当初は江戸城清水御門内の礫川町へ移建されたが、城域拡張に伴い飯田町、牛込御門内、小石川へと移動させられている。
二代目以降の住職もまた学徳高く前記久世、大久保、阿部等幕臣の帰依を得てその外護により伽藍も整備されたが、寛永十三年(1636)出火のため全焼した。その後、久世大和守広之の尽力により本郷丸山に替地をうけ、約六〇〇〇坪の境内に九間四面の本堂や千仏堂、客殿、書院、庫裡、鐘楼、山門等完備し、塔頭寺院も十二と七堂伽藍の整った大寺院として復興した。
しかるに僅か数年後の明暦三年(1657)正月十八日に明暦の大火によって悉く焼失した。しかし大火から三年後に客殿、庫裏を六年後には本堂を復興した。そして寛文七年(1667)には幕府から日蓮門下勝劣派の触頭に任ぜられた。以後明治四一年(1908)に現在の巣鴨へ移転するまで本郷丸山にあった。
現在も文京区本郷五丁目付近に『本妙寺坂』なる地名が残されている。